開業医の平均年収はいくら？勤務医との違いや手取りを徹底解説

開業医の平均年収とは？額面と手取りの違い・計算方法・平均年収をわかりやすく解説">年収とは？

「開業医の平均年収は高い」というイメージは一般的ですが、実際の数字は公的統計から確認できます。本記事では、国税庁や厚生労働省の調査を基に、開業医の平均年収を勤務医と比較しながら解説します。なお、収入には個人差・地域差・診療科差があるため、数字はあくまで目安です。

開業医（院長）の平均年収：公的統計の実額

中央社会保険医療協議会「第25回医療経済実態調査（令和7年11月公表）」によると、医療法人の無床診療所における院長（開業医）の平均給与（給料年額＋賞与）は約2,872万円です。有床診療所の院長では約3,232万円とさらに高くなります。一方、診療所の勤務医（医療法人・無床）の平均年収は約1,146万円で、院長と勤務医の差は約2.5倍に達します。

出典：CLIUS クリニック開業マガジン（第25回医療経済実態調査）

ただし、この数字は「給与として支払われた額」であり、個人立の診療所における開設者報酬は含まれません。個人開業医の実質的な収入は、医業収益から費用を引いた「医業利益」で評価する必要があります。

診療科別の開業医平均年収

診療科によって開業医の収入は大きく異なります。厚生労働省「第24回医療経済実態調査」による入院診療収益を持たない一般診療所（個人）の平均損益差額（経営上の純利益）は以下のとおりです。

出典：メディカルセンター.JP（第24回医療経済実態調査）

これらの数字はあくまで損益差額であり、院長の手取り収入とは異なります。診療科によって2～3倍の差があることがわかります。

開業医と勤務医の年収比較：手取りはどのくらい？

開業医の手取りは、損益差額から税金・社会保険料・借入返済・設備更新費などを支払った後の金額です。例えば損益差額が3,100万円の場合、税・社会保険負担約35％（約1,085万円）、借入返済や投資に600万円を充てると、手取りは約1,400万円前後になります。一方、勤務医（平均年収約1,338万円、10人以上医療機関）の手取りは約800万～870万円と推定されます。

開業医の手取り計算式（目安）

• 売上 − 経費 − 返済 − 税金 = 手取り

勤務医の手取り計算式

• 給与 − 税金 − 社会保険料 = 手取り

収入構造が根本的に異なるため、単純な年収比較だけでなく、経費や返済負担を含めた総合的な判断が必要です。

開業医の年収を左右する要因と注意点

開業医の年収は以下の要因で大きく変動します。

• 診療科・自由診療比率：保険診療のみの科と自由診療中心の科では収益構造が異なります。
• 地域・立地：都市部と地方では患者数や競合環境が違います。
• 人件費・賃料：診療所の費用で最大の項目。スタッフ配置や物件賃料が固定費を左右します。
• 借入返済：開業時の設備投資（内装・医療機器）は借入が一般的で、返済期間中は可処分所得を圧迫します。
• 退職金・年金：勤務医には退職金制度や厚生年金がありますが、開業医は自分で準備する必要があり、生涯年収の比較は単純ではありません。

また、個人立の開業医の場合、統計上「給与」として表れないため、医業利益から実収入を読み取る必要があります。

まとめ：開業医の平均年収は高いが、コストとリスクを考慮すべき

開業医の平均年収は勤務医の約2.5倍というデータがありますが、それは経費・借入返済前の数字です。手取りベースでは勤務医の1.6～1.7倍程度になるケースが一般的です。診療科や経営状況によって個人差が大きく、開業にはリスクも伴います。

年収の比較だけでなく、安定性・専門性・ライフプランなどの条件を総合的に検討することが重要です。

詳しい数字を知りたい方は、年収指数や手取り早見もご参照ください。なお、国税庁「令和7年分 民間給与実態統計調査」によると、一般労働者の平均給与は487万円であり、医師の高収入は際立っています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 開業医の平均年収はどの統計を見れば正確ですか？

A. 公開統計としては「医療経済実態調査（中央社会保険医療協議会）」が信頼できます。ただし、個人立診療所の開設者報酬は給与費に含まれないため、損益差額を確認する必要があります。

Q2. 開業医の手取り年収は平均いくらですか？

A. 損益差額の目安が3,000万円前後でも、税金・社会保険料・借入返済などを差し引くと、手取りは1,200万～1,500万円程度になるケースが多いとされています。個人差が大きいため、一概には言えません。

Q3. 勤務医から開業医になると年収は必ず上がりますか？

A. 必ずしもそうとは限りません。開業直後は借入返済が重く手取りが減る場合もあります。また、経営が軌道に乗るまで数年かかることもあります。平均的には増える傾向ですが、リスクも伴います。

Q4. 診療科別で最も開業医の年収が高いのは？

A. 小児科が約3,018万円、皮膚科が約2,805万円とされています（第24回医療経済実態調査）。ただし美容外科など自由診療中心の科ではさらに高いケースもありますが、公的統計では区分が不明な場合があります。

Q5. 開業医の年収は地域によって差がありますか？

A. はい、地域差があります。都市部は患者数が多い反面、競合も多く賃料も高いです。地方は患者数が限られるものの、競合が少なく固定費が低い場合もあります。一概に都市部が高いとは言えません。

参考資料

• 国税庁「令和7年分 民間給与実態統計調査」https://www.nta.go.jp/publication/statistics/kokuzeicho/minkan2025/minkan.htm
• 中央社会保険医療協議会「第25回医療経済実態調査」https://clius.jp/mag/2026/09/01/doctor-salary-data/
• 厚生労働省「第24回医療経済実態調査」https://medicalcenterjp.com/columns/columns-16553/
• メディカルセンター.JP「開業医の平均年収はいくら？」https://medicalcenterjp.com/columns/columns-16553/